原来探针法荧光PCR检测试剂盒是利用了这一原理进行检测的
荧光定量PCR的基本原理就是在PCR扩增过程中，随着PCR循环数的递增，PCR产物不断积累，荧光信号也会相应的增加，这样就可以通过荧光强度的变化来对PCR反应进行实时的监测。探针法荧光PCR检测试剂盒通过对DNA或RNA的荧光定量PCR监测，可以实现基因的相对定量、定量和定性分析。
荧光是指一种光致发光的冷发光现象。当某种常温物质经某种波长的入射光照射，吸收光能后进入激发态，并且立即退激发并发出比入射光的波长长的出射光。其原理为：光照射到某些原子时，光的能量使原子核周围的一些电子由原来的轨道跃迁到了能量更高的轨道，即从基态跃迁到第一激发单线态或第二激发单线态等。第一激发单线态或第二激发单线态等是不稳定的，所以会恢复基态，当电子由第一激发单线态恢复到基态时，能量会以光的形式释放，所以产生荧光。与传统PCR一样，探针法荧光PCR检测试剂盒反应在温度模块里循环进行；理论上每经过一个循环目的基因的数量都会增加一倍；每个循环结束后，定量PCR仪器通过不同的滤光片记录荧光信号；在扩增过程中，荧光信号随着PCR产物的增加而增强。
探针法荧光PCR检测试剂盒探针法的本质是利用了荧光共振能量转移现象，探针上存在一对能产生荧光共振能量转移的基团，利用PCR反应中的一些过程(酶切，杂交等)，使两个基团的距离产生变化，使系统中的荧光强度或者荧光种类发生变化，这种变化又与PCR产物的种类和量有直接关系，通过检测这种变化，我们就可以检测出PCR反应体系中产物的种类和量。
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